Los Cuadernos recopilan los escritos en orden cronológico según sus fechas diarias. Esto nos permitió registrar con mayor precisión la escritura simultánea de capítulos pertenecientes a obras publicadas por separado. Además, la edición en tres volúmenes de los «Quaderni» presenta notas meticulosamente redactadas, sobrias pero completas, especialmente en lo que respecta a las referencias bíblicas, y los índices.
Cada volumen se acompaña de un índice, siendo el más importante el temático, dada la variedad de temas abordados, que abarca desde temas teológicos y doctrinales hasta visiones sobrenaturales, desde experiencias místicas hasta actualidad.
El índice-resumen, que lo precede, es útil porque identifica los temas y aclara conceptos. Finalmente, el índice bíblico recopila todas las referencias al Antiguo y al Nuevo Testamento que se encuentran en las notas y, a veces, en el texto.
En las notas y los índices, no se hace referencia a los números de página, sino a las fechas, que aparecen en el margen de cada página.
